一、扣繳義務人
1.對非居民企業(yè)在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的所得應繳納的所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。稅款由扣繳義務人在每次支付或者到期應支付時，從支付或者到期應支付的款項中扣繳。
2.對非居民企業(yè)在中國境內取得工程作業(yè)和勞務所得應繳納的所得稅，稅務機關可以指定工程價款或者勞務費的支付人為扣繳義務人。
二、扣繳方法
1.應當扣繳的所得稅，扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，由企業(yè)在所得發(fā)生地繳納。企業(yè)未依法繳納的，稅務機關可以從該企業(yè)在中國境內其他收入項目的支付人應付的款項中，追繳該企業(yè)的應納稅款。(在中國境內存在多處所得發(fā)生地的，由企業(yè)選擇其中之一申報繳納企業(yè)所得稅)
2.扣繳義務人每次代扣的稅款，應當自代扣之日起7日內繳入國庫，并向所在地的稅務機關報送扣繳企業(yè)所得稅報告表。
三、稅源管理
1.扣繳義務人與非居民企業(yè)首次簽訂有關的業(yè)務合同或協議的，扣繳義務人應當自合同簽訂之日起30日內，向其主管稅務機關申報辦理扣繳稅款登記。
2.扣繳義務人每次與非居民企業(yè)簽訂有關的業(yè)務合同應當自合同簽訂之日起30日內，向其主管稅務機關報送《扣繳企業(yè)所得稅合同備案登記表》、合同復印件及相關資料。
四、征收管理
1.人民幣以外貨幣的，應按照扣繳當日國家公布的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算。
2.扣繳義務人與非居民企業(yè)簽訂有關的業(yè)務合同時，凡合同中約定由扣繳義務人負擔應納稅款的，應將非居民企業(yè)取得的不含稅所得換算為含稅所得后計算征稅。
3.非居民企業(yè)可以適用的稅收協定與國內稅收法規(guī)有不同規(guī)定的，可申請執(zhí)行稅收協定規(guī)定;非居民企業(yè)未提出執(zhí)行稅收協定規(guī)定申請的，按國內稅收法律法規(guī)的有關規(guī)定執(zhí)行。
4.非居民企業(yè)已按國內稅收法律法規(guī)的有關規(guī)定征稅后，提出享受減免稅或稅收協定待遇申請的，主管稅務機關經審核確認應享受減免稅或稅收協定待遇的，對多繳納的稅款應依據《稅收征管法》及其實施細則的有關規(guī)定予以退稅。
5.因非居民企業(yè)拒絕代扣稅款的，扣繳義務人應當暫停支付相當于非居民企業(yè)應納稅款的款項，并在1日之內向其主管稅務機關報告，并報送書面情況說明。
6.扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，非居民企業(yè)應于扣繳義務人支付或者到期應支付之日起7日內，到所得發(fā)生地主管稅務機關申報繳納企業(yè)所得稅。
扣繳義務人所在地與所得發(fā)生地不在一地的，扣繳義務人所在地主管稅務機關應自確定扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務之日起5個工作日內，向所得發(fā)生地主管稅務機關發(fā)送《非居民企業(yè)稅務事項聯絡函》，告知非居民企業(yè)的申報納稅事項。
7.對多次付款的合同項目，扣繳義務人應當在履行合同最后一次付款前15日內，向主管稅務機關報送合同全部付款明細、前期扣繳表和完稅憑證等資料，辦理扣繳稅款清算手續(xù)。
五、股權轉讓所得的管理
(一)所稱股權轉讓所得是指非居民企業(yè)轉讓中國居民企業(yè)的股權(不包括在公開的證券市場上買入并賣出中國居民企業(yè)的股票)所取得的所得。
(二)股權轉讓所得=股權轉讓價-股權成本價
股權轉讓價，如被持股企業(yè)有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。
股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業(yè)實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。
(三)在計算股權轉讓所得時，以非居民企業(yè)向被轉讓股權的中國居民企業(yè)投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價。如果同一非居民企業(yè)存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價;多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。
(四)非居民企業(yè)股權轉讓有關問題
(1)非居民企業(yè)直接轉讓中國境內居民企業(yè)股權，如果股權轉讓合同或協議約定采取分期付款方式的，應于合同或協議生效且完成股權變更手續(xù)時，確認收入實現。
(2)境外投資方同時間接轉讓兩個及兩個以上且不在同一省(市)中國居民企業(yè)股權的，可以選擇向其中一個中國居民企業(yè)所在地主管稅務機關按照規(guī)定提供資料，由該主管稅務機關所在省(市)稅務機關與其他省(市)稅務機關協商確定是否征稅，并向國家稅務總局報告;如果確定征稅的，應分別到各中國居民企業(yè)所在地主管稅務機關繳納稅款。