科研經(jīng)費的申請、審批、使用必須堅持靈活性、合理性、合法性相結(jié)合的原則，科研工作需要科研人員將主要精力集中在項目上，科研經(jīng)費的申請、審批、使用不能為了監(jiān)督而設(shè)置過多過繁的程序性規(guī)定，不能因為出現(xiàn)某些非法占有科研經(jīng)費的現(xiàn)象，而無限制地加碼科研經(jīng)費的監(jiān)督，必須在便于科研與有效監(jiān)督之間選擇合適的平衡點，掐準科研經(jīng)費腐敗的七寸，精準有力地進行監(jiān)督。
　　科研經(jīng)費有著一般國家專項資金的特點，也有專業(yè)性、知識性等特點，前者需要進行嚴格的審計，后者則需要成立專門的科研監(jiān)督委員會進行專業(yè)性的監(jiān)督。審計部門必須依照國家法規(guī)、審計準則和會計理論，運用專門的方法，對科研經(jīng)費使用過程中的財務(wù)收支及相關(guān)資料的真實性、合規(guī)性、效益性進行審查和監(jiān)督。但一個科研項目需要多少經(jīng)費?科研經(jīng)費是否花在刀刃上?科研成果是否達到預期目標?這些專業(yè)性極強的問題依靠審計、司法、媒體等力量來監(jiān)督是無法勝任的，必須成立中立性的由相關(guān)領(lǐng)域的專家學者組成的專業(yè)監(jiān)督委員會。專業(yè)監(jiān)督委員會只對科研經(jīng)費的申報材料及科研成果進行審查，守好出入口，防止科研項目申報小題大做、虛張聲勢，對科研成果進行嚴格驗收，防止科研項目成果出現(xiàn)虎頭蛇尾、弄虛作假。
　　相比較審計監(jiān)督，專業(yè)監(jiān)督更加重要。因為以學術(shù)為掩飾的腐敗行為要比財務(wù)上的腐敗更隱蔽，對科研工作的傷害更深。科研的專業(yè)性讓其經(jīng)費的申報使用具有了天然的隱蔽性，專業(yè)監(jiān)督必須要求監(jiān)督者終身負責，建議由科技部設(shè)立全國性的專家?guī)欤瑢ι陥蟛牧虾涂蒲谐晒M行監(jiān)督、驗收，專家成員由科技部組織抽簽，實現(xiàn)監(jiān)督者與被監(jiān)督者互不見面，嚴防打招呼說情。
　　還要建立科研項目信息公開制度。除涉及國家機密的之外，科研經(jīng)費的申報使用特別是成果，都應該向社會公布。
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