一、共同點(diǎn)
內(nèi)部控制審計(jì)和財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)之間存在多方面的共同點(diǎn)，例如：
（一）兩者的終極目的一致。雖然各有側(cè)重，但終極目的都是提高財(cái)務(wù)報(bào)表預(yù)期使用者對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表的信賴(lài)程度。
（二）兩者都采用風(fēng)險(xiǎn)導(dǎo)向?qū)徲?jì)方法。注冊(cè)會(huì)計(jì)師首先實(shí)施風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估程序，識(shí)別和評(píng)估財(cái)務(wù)報(bào)表重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)（包括由于舞弊導(dǎo)致的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)），在此基礎(chǔ)上，針對(duì)評(píng)估的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)，通過(guò)設(shè)計(jì)和實(shí)施恰當(dāng)?shù)膽?yīng)對(duì)措施，獲取充分、適當(dāng)?shù)膶徲?jì)證據(jù)。
（三）兩者運(yùn)用的重要性水平相同。注冊(cè)會(huì)計(jì)師在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中運(yùn)用重要性水平，旨在計(jì)劃和執(zhí)行財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作，評(píng)價(jià)識(shí)別出的錯(cuò)報(bào)對(duì)審計(jì)的影響以及未更正錯(cuò)報(bào)對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表和審計(jì)意見(jiàn)的影響，以對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表整體是否不存在重大錯(cuò)報(bào)獲取合理保證；注冊(cè)會(huì)計(jì)師在內(nèi)部控制審計(jì)中運(yùn)用重要性水平，旨在計(jì)劃和執(zhí)行內(nèi)部控制審計(jì)工作，評(píng)價(jià)識(shí)別出的內(nèi)部控制缺陷單獨(dú)或組合起來(lái)是否構(gòu)成內(nèi)部控制重大缺陷，以對(duì)被審計(jì)單位是否在所有重大方面保持了有效的內(nèi)部控制獲取合理保證。由于內(nèi)部控制的目標(biāo)是合理保證財(cái)務(wù)報(bào)告及相關(guān)信息的真實(shí)、完整，因此對(duì)于同一財(cái)務(wù)報(bào)表，在兩種審計(jì)中運(yùn)用的重要性水平應(yīng)當(dāng)相同。
（四）兩者識(shí)別的重要賬戶、列報(bào)及其相關(guān)認(rèn)定相同。注冊(cè)會(huì)計(jì)師在識(shí)別重要賬戶、列報(bào)及其相關(guān)認(rèn)定時(shí)應(yīng)當(dāng)評(píng)價(jià)的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)因素對(duì)于內(nèi)部控制審計(jì)和財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)而言是相同的，因此對(duì)于同一財(cái)務(wù)報(bào)表，在兩種審計(jì)中識(shí)別的重要賬戶、列報(bào)及其相關(guān)認(rèn)定應(yīng)當(dāng)相同。
（五）兩者了解和測(cè)試內(nèi)部控制設(shè)計(jì)和運(yùn)行有效性的基本方法相同，都可能實(shí)施詢(xún)問(wèn)、觀察、檢查以及重新執(zhí)行等程序。
二、不同點(diǎn)
內(nèi)部控制審計(jì)是對(duì)內(nèi)部控制的有效性發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)，并對(duì)內(nèi)部控制審計(jì)過(guò)程中注意到的非財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制重大缺陷進(jìn)行披露；財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表是否在所有重大方面按照適用的財(cái)務(wù)報(bào)告編制基礎(chǔ)編制發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)。雖然內(nèi)部控制審計(jì)和財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)存在多方面的共同點(diǎn)，但財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表進(jìn)行審計(jì)，重在審計(jì)“結(jié)果”，而內(nèi)部控制審計(jì)是對(duì)保證財(cái)務(wù)報(bào)表質(zhì)量的內(nèi)部控制的有效性進(jìn)行審計(jì)，重在審計(jì)“過(guò)程”。發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)的對(duì)象不同，使得兩者存在區(qū)別，例如：
（一）對(duì)內(nèi)部控制進(jìn)行了解和測(cè)試的目的不同
在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)和內(nèi)部控制審計(jì)中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師都需要了解與審計(jì)相關(guān)的內(nèi)部控制，并都可能涉及測(cè)試相關(guān)內(nèi)部控制運(yùn)行的有效性，但兩者目的不同。注冊(cè)會(huì)計(jì)師在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中了解和測(cè)試內(nèi)部控制，是為了識(shí)別、評(píng)估和應(yīng)對(duì)重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)，據(jù)此確定實(shí)質(zhì)性程序的性質(zhì)、時(shí)間安排和范圍，并獲取與財(cái)務(wù)報(bào)表是否在所有重大方面按照適用的財(cái)務(wù)報(bào)告編制基礎(chǔ)編制相關(guān)的審計(jì)證據(jù)，以支持對(duì)財(cái)務(wù)報(bào)表發(fā)表的審計(jì)意見(jiàn)；注冊(cè)會(huì)計(jì)師在內(nèi)部控制審計(jì)中了解和測(cè)試內(nèi)部控制，是為了對(duì)內(nèi)部控制的有效性發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)。
（二）測(cè)試內(nèi)部控制運(yùn)行有效性的范圍要求不同
在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，針對(duì)評(píng)估的認(rèn)定層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)，注冊(cè)會(huì)計(jì)師可能選擇采用實(shí)質(zhì)性方案或綜合性方案。如果采用實(shí)質(zhì)性方案，注冊(cè)會(huì)計(jì)師可以不測(cè)試內(nèi)部控制的運(yùn)行有效性；如果采用綜合性方案，注冊(cè)會(huì)計(jì)師綜合運(yùn)用控制測(cè)試和實(shí)質(zhì)性程序，因而需要測(cè)試內(nèi)部控制的運(yùn)行有效性。根據(jù)《中國(guó)注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)準(zhǔn)則第1231號(hào)——針對(duì)評(píng)估的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)采取的應(yīng)對(duì)措施》的相關(guān)規(guī)定，當(dāng)存在下列情形之一時(shí)，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)設(shè)計(jì)和實(shí)施控制測(cè)試，針對(duì)相關(guān)控制運(yùn)行的有效性，獲取充分、適當(dāng)?shù)膶徲?jì)證據(jù)：
（1）在評(píng)估認(rèn)定層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)時(shí)，預(yù)期控制的運(yùn)行是有效的（即在確定實(shí)質(zhì)性程序的性質(zhì)、時(shí)間安排和范圍時(shí)，注冊(cè)會(huì)計(jì)師擬信賴(lài)控制運(yùn)行的有效性）；
（2）僅實(shí)施實(shí)質(zhì)性程序并不能夠提供認(rèn)定層次充分、適當(dāng)?shù)膶徲?jì)證據(jù)。
也就是說(shuō)，如果以上兩種情況均不存在，注冊(cè)會(huì)計(jì)師可能對(duì)部分認(rèn)定，甚至全部認(rèn)定都不測(cè)試內(nèi)部控制的運(yùn)行有效性。
在內(nèi)部控制審計(jì)中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)針對(duì)所有重要賬戶和列報(bào)的每一個(gè)相關(guān)認(rèn)定獲取控制設(shè)計(jì)和運(yùn)行有效性的審計(jì)證據(jù)，以便對(duì)內(nèi)部控制整體的有效性發(fā)表審計(jì)意見(jiàn)。
（三）內(nèi)部控制測(cè)試的期間要求不同
首先，在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，針對(duì)評(píng)估的認(rèn)定層次重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)，如果注冊(cè)會(huì)計(jì)師選擇綜合性方案，需要獲取內(nèi)部控制在整個(gè)擬信賴(lài)期間運(yùn)行有效的審計(jì)證據(jù)，而在內(nèi)部控制審計(jì)中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)于基準(zhǔn)日的內(nèi)部控制運(yùn)行有效性發(fā)表意見(jiàn)，則僅需要對(duì)內(nèi)部控制在基準(zhǔn)日前足夠長(zhǎng)的時(shí)間（可能短于整個(gè)審計(jì)期間）內(nèi)的運(yùn)行有效性獲取審計(jì)證據(jù)。
其次，盡管連續(xù)審計(jì)時(shí)注冊(cè)會(huì)計(jì)師在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)和內(nèi)部控制審計(jì)中都可以考慮以前審計(jì)中所了解和測(cè)試的情況，但在執(zhí)行內(nèi)部控制審計(jì)時(shí)，注冊(cè)會(huì)計(jì)師不得采用《中國(guó)注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)準(zhǔn)則第1231號(hào)——針對(duì)評(píng)估的重大錯(cuò)報(bào)風(fēng)險(xiǎn)采取的應(yīng)對(duì)措施》第十四條中提及的“每三年至少對(duì)控制測(cè)試一次”的方法，而應(yīng)當(dāng)在每一年度審計(jì)中測(cè)試內(nèi)部控制（對(duì)自動(dòng)化應(yīng)用控制在滿足特定條件情況下所采用的與基準(zhǔn)相比較策略除外）。
（四）對(duì)控制缺陷的評(píng)價(jià)和溝通要求不同
在內(nèi)部控制審計(jì)中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)評(píng)價(jià)識(shí)別出的內(nèi)部控制缺陷是否構(gòu)成一般缺陷、重要缺陷或重大缺陷。在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，注冊(cè)會(huì)計(jì)師需要確定識(shí)別出的內(nèi)部控制缺陷單獨(dú)或連同其他缺陷是否構(gòu)成值得關(guān)注的內(nèi)部控制缺陷。
相應(yīng)地，兩者的溝通要求存在不同。在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中：
1．注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)以書(shū)面形式及時(shí)向治理層通報(bào)值得關(guān)注的內(nèi)部控制缺陷，致送書(shū)面溝通文件的時(shí)間可能根據(jù)注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)治理層履行監(jiān)督責(zé)任需要的考慮確定（對(duì)于上市實(shí)體，治理層可能需要在批準(zhǔn)財(cái)務(wù)報(bào)表前收到注冊(cè)會(huì)計(jì)師的溝通文件；對(duì)于其他實(shí)體，注冊(cè)會(huì)計(jì)師可能會(huì)在較晚日期致送書(shū)面溝通文件，但需要滿足完成最終審計(jì)檔案的歸檔要求）。
2．注冊(cè)會(huì)計(jì)師還應(yīng)當(dāng)及時(shí)向相應(yīng)層級(jí)的管理層通報(bào)：
（1）已向或擬向治理層通報(bào)的值得關(guān)注的內(nèi)部控制缺陷，除非在具體情況下不適合直接向管理層通報(bào)。此項(xiàng)應(yīng)采用書(shū)面方式通報(bào)。
（2）在審計(jì)過(guò)程中識(shí)別出的、其他方未向管理層通報(bào)而注冊(cè)會(huì)計(jì)師根據(jù)職業(yè)判斷認(rèn)為足夠重要從而值得管理層關(guān)注的內(nèi)部控制其他缺陷。此項(xiàng)對(duì)溝通形式?jīng)]有強(qiáng)制要求，可以采用書(shū)面或口頭形式。
在內(nèi)部控制審計(jì)中：
對(duì)于重大缺陷和重要缺陷，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)以書(shū)面形式與管理層和治理層溝通，書(shū)面溝通應(yīng)在注冊(cè)會(huì)計(jì)師出具內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告前進(jìn)行；如果注冊(cè)會(huì)計(jì)師認(rèn)為審計(jì)委員會(huì)和內(nèi)部審計(jì)機(jī)構(gòu)對(duì)內(nèi)部控制的監(jiān)督無(wú)效，應(yīng)當(dāng)就此以書(shū)面形式直接與董事會(huì)溝通。此外，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)以書(shū)面形式與管理層溝通其在審計(jì)過(guò)程中識(shí)別的所有其他內(nèi)部控制缺陷（包括注意到的非財(cái)務(wù)報(bào)告內(nèi)部控制缺陷），并在溝通完成后告知治理層。
（五）審計(jì)報(bào)告的形式和內(nèi)容以及所包括的意見(jiàn)類(lèi)型不同
內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告的形式和內(nèi)容不同于財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)報(bào)告。注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)分別按照中國(guó)注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)準(zhǔn)則和《企業(yè)內(nèi)部控制審計(jì)指引》及《企業(yè)內(nèi)部控制審計(jì)指引實(shí)施意見(jiàn)》的相關(guān)規(guī)定，出具財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)報(bào)告和內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告。此外，內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告不存在保留意見(jiàn)的意見(jiàn)類(lèi)型，如果內(nèi)部控制存在一項(xiàng)或多項(xiàng)重大缺陷，除非審計(jì)范圍受到限制，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)對(duì)內(nèi)部控制發(fā)表否定意見(jiàn)；如果審計(jì)范圍受到限制，注冊(cè)會(huì)計(jì)師應(yīng)當(dāng)解除業(yè)務(wù)約定或出具無(wú)法表示意見(jiàn)的內(nèi)部控制審計(jì)報(bào)告。
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