「案例」某物流公司是一個集倉儲、運輸為一體納入試點的大型物流企業(yè)并且為自開票納稅人，2007年該公司的總收入為4 000萬元，其中提供運輸收入為1 400萬元，提供倉儲和其他業(yè)務的收入為2 600萬元。
根據國家發(fā)改委等部門發(fā)布的《關于促進我國現代物流業(yè)發(fā)展的意見的通知》和國家稅務總局《關于試點物流企業(yè)有關稅收政策問題的通知》（國稅發(fā)[2005]208號）的規(guī)定，對國家發(fā)改委和國家稅務總局聯合確認納入試點名單的物流企業(yè)及所屬企業(yè)開展物流業(yè)務應按其收入性質分別核算。提供運輸勞務取得的運輸收入按“交通運輸業(yè)”稅目征收營業(yè)稅并開具貨物運輸業(yè)發(fā)票。凡未按規(guī)定分別核算其營業(yè)稅應稅收入的，一律按“服務業(yè)”稅目征收營業(yè)稅。因此，對于那些納入試點的進行多種經營的物流企業(yè)來說，如果分別核算運輸、整理、倉儲、包裝等業(yè)務可以將稅率低的運輸業(yè)務按照3%稅率納稅；如果沒有分別核算則統一按照5%稅率繳納營業(yè)稅。
如果該企業(yè)沒有分開核算各項業(yè)務，則應繳納的營業(yè)稅為4 000×5%=200（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為200×（7%+3%）=20（萬元）。如果該企業(yè)分別核算運輸收入和其他收入，則應納營業(yè)稅為1 400×3%+2 600×5%=172（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為172×（7%+3%）=17.2（萬元）。比較可知，分開業(yè)務核算可以節(jié)省稅款200+20－172－17.2=30.8（萬元）。此外，對于代開票納稅的物流企業(yè)來說，根據《國家稅務總局關于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號），代開票納稅人從事聯運業(yè)務，其計征營業(yè)稅的營業(yè)額為代開票注明的營業(yè)稅應稅收入，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用，因此代開票納稅人在進行籌劃時應注意將支付給其他聯運企業(yè)的費用單獨分開，由聯運企業(yè)單獨開具發(fā)票，而不要合并開具發(fā)票。
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