費稅體制的弊端主要表現(xiàn)在：
1.費稅體制的不合理使得稅收的地位和作用降低了，財政收入的穩(wěn)定增長受到較大影響。體制外收費使得政府能夠補足稅收方面的不足，因為體制外收費的項目種類多，容易獲得，地方政府設(shè)立了各種收費項目，自給自足，自收自用。
2.稅費體制的不合理分散了政府財力，降低了政府對政治、經(jīng)濟(jì)的宏觀調(diào)控能力。收費力度加強(qiáng)，又不好控制，相應(yīng)地減弱了稅的收入，使得國家財政收入降低，這些收費大多是地方政府的灰色收入，很難估算。
3.費稅體制的不合理加重了企業(yè)的負(fù)擔(dān)，妨礙經(jīng)濟(jì)的正常增長。各種名目的收費，使企業(yè)再交稅后還要負(fù)擔(dān)其他收費，企業(yè)不堪重負(fù)。
4.費稅體制的不合理也會滋長腐敗，有損黨和政府的形象。政府預(yù)算不足時，地方政府可能會通過一些收費項目來增加地方政府收入。一些重權(quán)在握的人會利用體制外收費謀取個人私利，滿足自己的欲望，助長了官員的腐敗行為，增加一些不合理的、不合法的收費項目和基金項目，設(shè)立各種附加費和集資等項目。
5.費稅體制的不合理也會影響到投資環(huán)境，使一些外商投資者的積極性受到打擊。
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