差別不是很大，因為所獲證書都是一樣的。同等學力申碩是在職研究生的一種報考方式，考生是利用業(yè)余時間學習的，其課程采用實踐和理論相結(jié)合的方式，使學員能學以致用，畢業(yè)后可獲得結(jié)業(yè)證書和碩士學位證書。
一、同等學力申碩和全日制碩士含金量差別
1、同等學力碩士學位證與全日制碩士學位證書樣式一致，含金量一樣，在教育部“中國學位與研究生教育信息網(wǎng)”注冊查詢，在職務晉升、職稱評定、出國留學、報考申請博士學位等方面具有同等效力。
2、報考同等學力申碩的人一般都有工作經(jīng)驗，又有較好的學習功底，拿到學位證也是個人能力的體現(xiàn)，受到了很多用人單位的青睞。而且在這一塊需求還很大，所以同等學力申碩畢業(yè)后的出路非常光明。
3、通過同等學力申碩的方式獲得的碩士學位證書可以在學位網(wǎng)查詢到，獲得社會和用人單位的認可，含金量高。雖然同等學力申碩沒有學歷證書，但如今企業(yè)越來越重視員工的能力，學位證更加受到重視，而學歷證書只是學生某一個階段學習過程的憑證。
二、同等學力申碩和全日制碩士的區(qū)別
1、招生人群
同等學力申碩招生人群為大專及大專以上學歷在職人員，統(tǒng)招研究生招生人群為應屆本科畢業(yè)生，我們看到了兩個屬于不同領域的研究生申碩方式，前者側(cè)重在職人員，后者則針對全日制考生。
從招生人群來看，對于在職人員來說同等學力申碩有含金量，對于統(tǒng)招生來說，全日制研究生有含金量，二者沒有交集。
2、課程設置
同等學力申碩按照國家申碩規(guī)定，院校為同等學員學員開設在職研修班，為學員提供研究生教育，統(tǒng)招研究生隸屬于全日制研究生教育，統(tǒng)招生研究生學員會按照全日制課程繼續(xù)攻讀研究生，二者師資基本上與統(tǒng)招研究生相同。
就課程含金量來對比，自然是統(tǒng)招研究生含金量高，這是毋庸置疑的，但就實際而言，在職人員更需求課程設置靈活，可讀性高，半脫產(chǎn)學習，不影響工作生活等，況且在職人員無法接觸到統(tǒng)招生課程。
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