缺乏編制預(yù)算時所需的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)及其合理依據(jù)，缺乏對現(xiàn)有數(shù)據(jù)真實性、合理性的有效鑒定手段，缺乏對經(jīng)費定額確認(rèn)的科學(xué)手段。同時，多年來，我國預(yù)算科目屬于粗放型模式，編制不規(guī)范，除了部分人員經(jīng)費外，其他支出很難具體到單位和項目上，特別是每年編制預(yù)算時，因時間有限，收支科目只安排到類級科目，這樣給預(yù)算的執(zhí)行與監(jiān)督帶來諸多不便。
(五)預(yù)算審批存在主觀性
傳統(tǒng)的本位主義和官本位意識，造成預(yù)算審批存在主觀性和長官意識，缺乏公正透明度。同時，受短期行為影響，一些地方政府更多考慮的是大建設(shè)大發(fā)展的“政績”工程，仍然拘泥于全能型財政、官主型財政和建設(shè)型財政，在預(yù)算安排上沒有充分考慮社會保障等民生支出方面。嚴(yán)重影響了財政資源優(yōu)化配置和財政資金使用效率。
(六)預(yù)算執(zhí)行缺乏嚴(yán)肅性
由于缺乏嚴(yán)格的預(yù)算執(zhí)行制度，因此，對支出的控制仍力不從心，支出超預(yù)算現(xiàn)象沒有從根本上得到解決，缺乏對預(yù)算單位和人員的有效控制。而部門預(yù)算在經(jīng)過財政部門審核、匯總、分析、上報同級政府和人大批準(zhǔn)的過程中，下達(dá)預(yù)算時基本是3月甚至4月份，時間已過了一年的四分之一。
預(yù)算批復(fù)不及時以及年度預(yù)算調(diào)整頻繁，給預(yù)算單位正常經(jīng)濟活動帶來很大困難的同時，也使預(yù)算單位變通執(zhí)行預(yù)算以維持正常的經(jīng)濟活動。另外，現(xiàn)行的零基預(yù)算模式?jīng)]有相應(yīng)的諸如公共資源簿記制度、支出標(biāo)準(zhǔn)定額、專項支出項目數(shù)據(jù)庫和財政信息控制系統(tǒng)等配套制度，而且零基預(yù)算模式過于陳舊，隨著政府采購和國庫集中支付制度改革的不斷推進(jìn)以及政府收支分類改革，零基預(yù)算模式下所暴露出來的如績效與經(jīng)費不配比、預(yù)算管理與資金管理、預(yù)算管理與資產(chǎn)管理、預(yù)算管理與財務(wù)管理、預(yù)算管理與政府采購之間缺乏銜接，資金使用績效提升不高，預(yù)算透明度模糊等弊端日趨明顯。這些問題使預(yù)算單位在執(zhí)行預(yù)算過程中容易存在主觀隨意性。
(七)預(yù)算績效評價體系不完善
預(yù)算著眼于短期、靜態(tài)、經(jīng)濟效益等方面的業(yè)績評價，未能從預(yù)算投入、過程、產(chǎn)出和效果來架構(gòu)預(yù)算績效評價指標(biāo)并實行有效的考評制度。爭項目爭資金的背后是預(yù)算支出績效評估嚴(yán)重滯后，管理中跑、冒、滴、漏現(xiàn)象普遍存在，重復(fù)建設(shè)、盲目投資、不合理購置、濫用或閑置財政資源的弊端在預(yù)算管理中屢見不鮮。
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