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1.購(gòu)進(jìn)不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的貨物的，與之相關(guān)的運(yùn)輸費(fèi)用不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額?！对鲋刀悤盒袟l例》第十條第五款明確：對(duì)不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的購(gòu)進(jìn)貨物，其發(fā)生的運(yùn)費(fèi)不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的購(gòu)進(jìn)貨物包括以下四種情況：一是用于非增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目、免征增值稅項(xiàng)目、集體福利或者個(gè)人消費(fèi)的購(gòu)進(jìn)貨物；二是非正常損失的購(gòu)進(jìn)貨物；三是非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購(gòu)進(jìn)貨物；四是國(guó)務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的納稅人自用消費(fèi)品。應(yīng)當(dāng)注意的是，增值稅一般納稅人購(gòu)進(jìn)的既用于增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目（不含免征增值稅項(xiàng)目）也用于非增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目、免征增值稅項(xiàng)目、集體福利或者個(gè)人消費(fèi)的固定資產(chǎn)，其發(fā)生的運(yùn)輸費(fèi)用允許進(jìn)項(xiàng)稅抵扣。
2.所銷售的貨物為免稅的，其運(yùn)輸費(fèi)用的進(jìn)項(xiàng)稅額不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣?！对鲋刀悤盒袟l例》第十條規(guī)定：銷售免稅貨物的運(yùn)輸費(fèi)用的進(jìn)項(xiàng)稅額不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣。
3. 偏高的運(yùn)輸費(fèi)用不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額?！秶?guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于加強(qiáng)增值稅征收管理若干問題〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[1995]192號(hào)）規(guī)定：納稅人購(gòu)進(jìn)、銷售貨物所支付的運(yùn)輸費(fèi)用明顯偏高，經(jīng)過審核不合理的，不予抵扣運(yùn)輸費(fèi)用。實(shí)際操作中，稅務(wù)部門一般對(duì)取得運(yùn)輸發(fā)票的企業(yè)每輛車核定運(yùn)輸收入*6限額，超過限額的收入即認(rèn)為不合理。
4.運(yùn)費(fèi)支付的對(duì)象與提供運(yùn)輸勞務(wù)單位不一致，不能抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額?！秶?guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于加強(qiáng)增值稅征收管理若干問題〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[1995]192號(hào)）*9條第三款規(guī)定：“納稅人購(gòu)進(jìn)貨物或應(yīng)稅勞務(wù)，支付運(yùn)輸費(fèi)用，所支付款項(xiàng)的單位必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務(wù)的單位一致，才能夠申報(bào)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，否則不予抵扣。”根據(jù)這一規(guī)定，直接付給中間商，由中間商再與供貨方結(jié)算，造成開票方與付款流向不一致，其進(jìn)項(xiàng)稅額不能抵扣。但對(duì)一般納稅人購(gòu)進(jìn)或銷售貨物通過鐵路運(yùn)輸，并取得鐵路部門開具的運(yùn)輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運(yùn)輸發(fā)票可以作為進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣憑證，允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
5.貨運(yùn)定額發(fā)票不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額?！秶?guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國(guó)稅函發(fā)[1995]288號(hào)）規(guī)定：準(zhǔn)予計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額扣除的貨運(yùn)發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運(yùn)定額發(fā)票。國(guó)稅發(fā)[1995]192號(hào)文件規(guī)定，增值稅一般納稅人取得的貨運(yùn)定額發(fā)票。
6.郵寄費(fèi)不允許計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣?！秶?guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈增值稅問題解答〈之一〉〉有通知》（國(guó)稅函[1995]288號(hào)）規(guī)定：增值稅一般納稅人采用郵寄方式銷售、購(gòu)買貨物所支付的郵寄費(fèi)不允許計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣。但另據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于鐵路運(yùn)費(fèi)進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣有關(guān)問題〉的補(bǔ)充通知》（國(guó)稅函[2003]970號(hào)）規(guī)定，中國(guó)鐵路包裹快運(yùn)公司為客戶提供運(yùn)輸勞務(wù)，屬于鐵路運(yùn)輸企業(yè)。因此，對(duì)增值稅一般納稅人購(gòu)進(jìn)或銷售貨物取得的《中國(guó)鐵路小件貨物快運(yùn)運(yùn)單》列明的鐵路快運(yùn)包干費(fèi)、超重費(fèi)、到付運(yùn)費(fèi)和轉(zhuǎn)運(yùn)費(fèi)，可按7%的扣除率計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
7.裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)用等其他雜費(fèi)不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅?！对鲋刀悤盒袟l例實(shí)施細(xì)則》第十八條規(guī)定：允許抵扣的運(yùn)輸費(fèi)用金額，是指運(yùn)輸費(fèi)用結(jié)算單據(jù)上注明的運(yùn)輸費(fèi)用（包括鐵路臨管線及鐵路專線運(yùn)輸費(fèi)用）、建設(shè)基金，不包括裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)等其他雜費(fèi)。也就是說，對(duì)運(yùn)輸費(fèi)用中同時(shí)支付的裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)等其他雜費(fèi)不得從銷項(xiàng)稅額中抵扣。并且《國(guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2004]88號(hào)）明確規(guī)定：貨運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運(yùn)費(fèi)和雜費(fèi)，對(duì)未分別注明，而合并注明為運(yùn)雜費(fèi)的全部不予抵扣。
國(guó)稅函[2005]332號(hào)文件規(guī)定，鐵路運(yùn)輸發(fā)票自 2005年4月1日起，增值稅一般納稅人購(gòu)進(jìn)或銷售貨物（固定資產(chǎn)除外）所支付的運(yùn)輸費(fèi)用（包括未列明的新增的鐵路臨管線及鐵路專線運(yùn)輸費(fèi)用）準(zhǔn)予抵扣。準(zhǔn)予抵扣的范圍僅限于鐵路運(yùn)輸企業(yè)開具各種運(yùn)營(yíng)費(fèi)用和鐵路建設(shè)基金，隨同運(yùn)費(fèi)支付的裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)等其他雜費(fèi)不得抵扣。東北地區(qū)擴(kuò)大增值稅抵扣范圍企業(yè)購(gòu)進(jìn)或銷售固定資產(chǎn)支付的運(yùn)輸費(fèi)用準(zhǔn)予抵扣。
8.項(xiàng)目填列不符的發(fā)票。國(guó)稅發(fā)[1995]192號(hào)文件規(guī)定，購(gòu)貨發(fā)票所列項(xiàng)目不符，不準(zhǔn)予抵扣。準(zhǔn)予計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額扣除的貨運(yùn)發(fā)票，其發(fā)貨人、收貨人、起運(yùn)地、到達(dá)地、運(yùn)輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運(yùn)輸單價(jià)、運(yùn)費(fèi)金額等項(xiàng)目的填寫必須齊全，與購(gòu)貨發(fā)票上所列的有關(guān)項(xiàng)目必須相符，否則不予抵扣。
《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅若干政策的通知》（財(cái)稅[2005]165號(hào)）規(guī)定：一般納稅人取得的匯總開具的運(yùn)輸發(fā)票，凡附有運(yùn)輸企業(yè)開具并加蓋財(cái)務(wù)專用章或發(fā)票專用章的運(yùn)輸清單，允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。一般納稅人取得的項(xiàng)目填寫不齊全的運(yùn)輸發(fā)票（附有運(yùn)輸清單的匯總開具的運(yùn)輸發(fā)票除外）不得計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。《國(guó)家稅務(wù)總局〈關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題〉的通知》（國(guó)稅發(fā)明電[2003]55號(hào)）規(guī)定“準(zhǔn)予計(jì)算進(jìn)項(xiàng)稅額扣除的貨運(yùn)發(fā)票的填寫，其發(fā)貨人、收貨人、起運(yùn)地、到達(dá)地、運(yùn)輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運(yùn)輸單價(jià)、運(yùn)費(fèi)金額等項(xiàng)目的填寫必須齊全，與購(gòu)貨發(fā)票上所列的有關(guān)項(xiàng)目必須相符，否則不予抵扣。抵扣進(jìn)項(xiàng)稅的運(yùn)輸費(fèi)用結(jié)算單據(jù)必須按欄目如實(shí)一次性填開，一項(xiàng)運(yùn)輸業(yè)務(wù)無法明確單位運(yùn)價(jià)和運(yùn)輸里程時(shí)，除”運(yùn)價(jià)“和”里程“兩項(xiàng)內(nèi)容外，其余各欄次項(xiàng)目必須填寫齊全、規(guī)范、完整，運(yùn)輸費(fèi)用和其他費(fèi)用必須分別注明。
如果納稅人未按規(guī)定要求填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》或者填寫內(nèi)容不全的，該張運(yùn)輸發(fā)票不得計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實(shí)填開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識(shí)別號(hào)。自開票的，應(yīng)在運(yùn)費(fèi)發(fā)票下方正中央加蓋有開票人識(shí)別號(hào)、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開票人專用章”和財(cái)務(wù)專用章。
9.貨運(yùn)代理發(fā)票。民用航空運(yùn)費(fèi)發(fā)票對(duì)于增值稅一般納稅人在外購(gòu)和銷售貨物（固定資產(chǎn)除外）中取得的民用航空貨票，根據(jù)國(guó)稅發(fā)[1995]192號(hào)文件的規(guī)定是準(zhǔn)予抵扣的。財(cái)稅[2005]165號(hào)文件規(guī)定：一般納稅人取得的國(guó)際貨物運(yùn)輸代理業(yè)發(fā)票和國(guó)際貨物運(yùn)輸發(fā)票，不得計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
對(duì)于民用航空貨票抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅的問題并沒有非常詳細(xì)的規(guī)定。但是，一般納稅人只有取得民用航空公司開具額貨票才能抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅。而在實(shí)際業(yè)務(wù)處理過程中，航空公司的貨運(yùn)業(yè)務(wù)一般是外包給大型貨運(yùn)代理公司運(yùn)作的，即航空公司一般不直接面對(duì)市場(chǎng)承接航空運(yùn)輸業(yè)務(wù)。因此，一般納稅人在通過航空運(yùn)輸
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