問：2000年因城市改造的需要，甲公司一棟賬面凈值20萬元的房產(chǎn)被拆遷，評估價為400萬元。當(dāng)年，負(fù)責(zé)拆遷安置的A房地產(chǎn)公司將一棟價值400萬元的店面補(bǔ)償給甲公司，未開具發(fā)票。甲公司按20萬元入賬。2009年甲公司將該店面以拍賣方式轉(zhuǎn)讓，交易價650萬元。請問甲公司計算繳納土地增值稅時的扣除成本如何確認(rèn)？能否以400萬元為基礎(chǔ)作為成本計算扣除（暫不考慮折舊等因素），企業(yè)所得稅前的計稅成本呢？
答：1、關(guān)于轉(zhuǎn)讓舊房土地增值稅計算問題。
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》第六條規(guī)定，計算增值額的扣除項(xiàng)目：
（三）新建房及配套設(shè)施的成本、費(fèi)用，或者舊房及建筑物的評估價格；《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第七條規(guī)定，條例第六條所列的計算增值額的扣除項(xiàng)目，具體為：
（四）舊房及建筑物的評估價格，是指在轉(zhuǎn)讓已使用的房屋及建筑物時，由政府批準(zhǔn)設(shè)立的房地產(chǎn)評估機(jī)構(gòu)評定的重置成本價乘以成新度折扣率后的價格。評估價格須經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)確認(rèn)。
（五）與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金，是指在轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)時繳納的營業(yè)稅、城市維護(hù)建設(shè)稅、印花稅。因轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)交納的教育費(fèi)附加，也可視同稅金予以扣除。
2、關(guān)于評估費(fèi)用可否在計算增值額時扣除的問題。
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字[1995]48號）規(guī)定，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物時因計算納稅的需要而對房地產(chǎn)進(jìn)行評估，其支付的評估費(fèi)用允許在計算增值額時予以扣除。對條例第九條規(guī)定的納稅人隱瞞，虛報房地產(chǎn)成交價格等情形而按房地產(chǎn)評估價格計算征收土地增值稅所發(fā)生的評估費(fèi)用，不允許在計算土地增值稅時予以扣除。
依據(jù)上述規(guī)定，2009年甲公司轉(zhuǎn)讓舊房店面土地增值稅增值額的計算：增值額＝出售房地產(chǎn)取得的收入－舊房及建筑物的評估價格（房產(chǎn)評估重置價×成新率）－轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金（營業(yè)稅、城市維護(hù)建設(shè)稅、教育費(fèi)附加、印花稅）－房地產(chǎn)評估費(fèi)用另外，《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006]21號）規(guī)定，納稅人轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發(fā)票的，經(jīng)當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門確認(rèn)，《條例》第六條第（一）、（三）項(xiàng)規(guī)定的扣除項(xiàng)目的金額，可按發(fā)票所載金額并從購買年度起至轉(zhuǎn)讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準(zhǔn)予作為“與轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)有關(guān)的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數(shù)。
對于轉(zhuǎn)讓舊房及建筑物，既沒有評估價格，又不能提供購房發(fā)票的，地方稅務(wù)機(jī)關(guān)可以根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十五條的規(guī)定，實(shí)行核定征收。
3、關(guān)于轉(zhuǎn)讓置換的店面繳納企業(yè)所得稅問題。
甲公司以賬面凈值20萬元的房產(chǎn)（評估價為400萬元）換取拆遷安置400萬元的店面，甲公司按換出的賬面凈值20萬元入賬。
《企業(yè)所得稅稅前扣除辦法》第七條規(guī)定，納稅人的存貨、固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)和投資等各項(xiàng)資產(chǎn)成本的確定應(yīng)遵循歷史成本原則。納稅人發(fā)生合并、分立和資本結(jié)構(gòu)調(diào)整等改組活動，有關(guān)資產(chǎn)隱含的增值或損失在稅收上已確認(rèn)實(shí)現(xiàn)的，可按經(jīng)評估確認(rèn)后的價值確定有關(guān)資產(chǎn)的成本。
參照上述規(guī)定，甲公司置換的店面房產(chǎn)這部分資產(chǎn)增值380萬元（400-20），若已確認(rèn)為應(yīng)納稅所得額，并已按稅法規(guī)定繳納稅款的，可按經(jīng)評估確認(rèn)后的價值400萬元確定有關(guān)資產(chǎn)的成本。否則，一律按資產(chǎn)的歷史成本價20萬元入賬，在處置轉(zhuǎn)讓時按照歷史成本價20萬元作為稅前扣除。