在運輸業(yè)營改增以前，增值稅一般納稅人銷售貨物、購進原材料等發(fā)生運費，如取得運輸企業(yè)開來的專業(yè)發(fā)票，可以按照7%的扣除率計算進項稅額?，F(xiàn)在它已經(jīng)成為歷史了，這種做法，營改增以后再也不存在了。
1、營改增以后，運輸企業(yè)年營業(yè)額在500萬元以上，為增值稅一般納稅人，對我提供運輸勞務，要開具增值稅專用發(fā)票，按照11%的稅率計算銷項稅額。
2、低于500萬元的為增值稅小規(guī)模納稅人，對外提供運輸服務，開具普通發(fā)票，按照征收率3%計算應交增值稅。
貨物運輸行業(yè)早已經(jīng)改為增值稅
貨物運輸行業(yè)開具的發(fā)票有兩種，一是貨物運輸增值稅專用發(fā)票，一個是普通機打發(fā)票
專用發(fā)票有抵扣聯(lián)，可以抵扣進項稅額。如果是一般納稅人開具的，票面上是11%的稅額
如果是小規(guī)模納稅人通過稅局代開，票面上是3%的稅額
普通機打發(fā)票沒有抵扣聯(lián)，不能抵扣進項稅額
運費抵扣
一、納稅人外購貨物(固定資產(chǎn)除外)、銷售應稅貨物而支付的運輸費用，可依運輸結算單據(jù)所列運費金額，依7%扣除率計算進項稅額準予扣除。準予扣除進項稅額的貨物運費金額是指運輸單位開具的發(fā)票上注明的運費、建設基金，但不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費。
二、目前采用數(shù)據(jù)采集比對的方法:
1、從2003年11月1日起，提供貨物運輸勞務的納稅人必須經(jīng)主管地方稅務機關認定方可開具貨物運輸發(fā)票。凡未經(jīng)地方稅務局認定的納稅人開具的貨物運輸發(fā)票不得作為記帳憑證和增值稅抵扣憑證。
2、增值稅一般納稅人在申報抵扣2003年11月1日起取得的運輸發(fā)票增值稅進項稅額時，應向主管國家稅務局填報《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》紙制文件及電子信息，未報送的其進項稅額不得抵扣。另外，納稅人取得的符合抵扣規(guī)定的運輸發(fā)票應當自開票之日起90天內(nèi)申報抵扣，超過期限的不予抵扣。從2003年12月1日起，國家稅務局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票進行采集比對，凡比對不符的，一律不予抵扣。對于比對異常情況進行核查，并對違反有關法律法規(guī)開具或取得貨物運輸業(yè)發(fā)票的單位進行處罰。
三、運費發(fā)票能否抵扣，要具體的看其是否經(jīng)稅務機關認定，以及運費發(fā)票相應的是否符合增值稅抵扣進項稅額的有關政策規(guī)定。
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