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換票，而不是不得扣除，是考慮到目前稅務(wù)機關(guān)還沒有全部在網(wǎng)上提供便捷的鑒別發(fā)票流向方式，很多情況下，企業(yè)對這種發(fā)票違法無能為力。假如日后稅務(wù)機關(guān)為納稅人提供了便捷的查詢方式，則本類問題就變成了惡意取得不符合規(guī)定發(fā)票，那就不僅是不得扣除，而是要按偷稅處理了。
第二種：明知故犯型：
虛開發(fā)票、非法代開、內(nèi)容變更，這三類均屬于主觀上明知違反發(fā)票管理規(guī)定而心存僥幸，其對應(yīng)的支出一律不得扣除，造成少繳稅款的，按偷稅處理。
第三種：疏忽大意型（業(yè)務(wù)真實）：
虛假發(fā)票（含克隆）：一般情況不得稅前扣除（后文有例外）。
理由：盡管企業(yè)財務(wù)人員對虛假發(fā)票尤其是克隆發(fā)票不能完全鑒別，但鑒于虛假發(fā)票對稅收秩序巨大的危害性，國家規(guī)定打擊虛假發(fā)票不僅是稅務(wù)機關(guān)的責(zé)任，也是每個企業(yè)和公民的義務(wù)。（發(fā)票管理辦法釋義，忘了多少頁了）。稅務(wù)機關(guān)為了提高企業(yè)打假的積極性，不允許其稅前扣除也是可以理解的。
項目不全（含不是全稱）、字跡不清、缺少印章及其他類問題發(fā)票：
對這類問題，只要不是特別嚴重，口頭提醒一下算了。如果很不像話，則不得扣除。即使換票也不得在其業(yè)務(wù)所屬年度扣除。
理由：發(fā)票管理辦法對發(fā)票開具規(guī)定的很明確，你仍然取得如此不堪之發(fā)票，怎么能起到證明你業(yè)務(wù)真實發(fā)生的作用呢？那可真是太不給稅務(wù)機關(guān)面子了。
第四種：例外處理
上述處理方式僅為一般性處理，例外的情況主要是業(yè)務(wù)真實發(fā)生、且合理、相關(guān)，最主要的一條，就是金額相對較大。如果不允許扣除，則會出現(xiàn)不是對所得征稅，而是對收入征稅的怪現(xiàn)象。因此，對此類問題，建議采用單項核定的方式確定應(yīng)稅所得額?？上?，我查找了關(guān)于核定所得稅的文件，均未找到單項核定的依據(jù)。
以上主要是基于稅務(wù)稽查中發(fā)現(xiàn)的問題發(fā)票的處理方法，另外一個重要的問題就是，在稽查過程中不得稅前扣除的問題發(fā)票（不含虛開發(fā)票），如果日后重新取得了合法發(fā)票，又該如何處理呢？是進行追溯調(diào)整，還是在取得年度扣除呢？如果有時間，我將另文討論《是追溯調(diào)整，還是未來適用？》
寫得好補充一個以票控稅的文件《關(guān)于認真做好2011年打擊發(fā)票違法犯罪活動工作的通知》（國稅發(fā)[2011]25號）：“ 四是對檢查發(fā)現(xiàn)的虛假發(fā)票，一律不得用以稅前扣除、抵扣稅款、辦理出口退—稅(包括免、抵、退稅)和財務(wù)報銷、財務(wù)核算；”加一個發(fā)票扣除派的地方成員
企業(yè)所得稅法第八條及其實施條例第二十七條所稱的“合理”：是指實際發(fā)生，取得合法發(fā)票，符合獨立法人之間公平交易原則，并與生產(chǎn)經(jīng)營活動直接相關(guān)的支出。
桂地稅發(fā)（2010）19號：關(guān)于明確若干所得稅稅收政策管理問題的通知發(fā)文日期：2010-2-23
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于公布全文失效廢止部分條款失效廢止的稅收規(guī)范性文件目錄的公告》（2011年第2號），國稅發(fā)[2005]50號失效廢止。
另有一文也是說這個問題的,感覺不錯,轉(zhuǎn)貼于下:
企業(yè)所得稅管理當(dāng)中發(fā)票的證據(jù)效力
一、案情概述
2005年，A市地方稅務(wù)局在對X房屋裝修公司2004年企業(yè)所得稅的檢查中發(fā)現(xiàn)，x公司當(dāng)年完成的兩個裝修工程項目當(dāng)中，有13張購進原材料的商業(yè)零售業(yè)發(fā)票的發(fā)票開具方在稅務(wù)機關(guān)的管戶名冊中并不存在，但通過鑒定發(fā)現(xiàn)這13張發(fā)票確實是由稅務(wù)機關(guān)印制的真版發(fā)票。針對此情況，x公司的財務(wù)解釋，發(fā)票是由具體承包項目的工長從Y裝潢城購貨后取得，x公司的財務(wù)制度只要求財務(wù)人員從紙質(zhì)、監(jiān)制章等外觀上就發(fā)票的真?zhèn)芜M行鑒定，所以沒能發(fā)現(xiàn)供貨方提供名稱虛假的真版發(fā)票。針對×公司所使用的開具方不真實的發(fā)票行為，A市地稅局認為X公司在不知情的情況下取得假發(fā)票的可能性是存在的，因此不予處罰，但由于發(fā)票不真實，所以不能作為企業(yè)列支成本的憑證，就13張發(fā)票所注明的總計152萬元的材料費，全額征收33％的企業(yè)所得稅，要求x公司補繳稅款50．1 6萬元和相應(yīng)的滯納金。
X公司不服A市地稅局做出的以上處理決定，提出行政復(fù)議。復(fù)議理由是．企業(yè)已實際支付成本，除了發(fā)票之外提出了x公司內(nèi)部的用料單、x公司向工長支付材料款的銀行匯款記錄、Y裝潢城開具的統(tǒng)一的材料運出記錄、以及承擔(dān)工程監(jiān)理的z監(jiān)理公司的工程監(jiān)理記錄作為材料費已實際發(fā)生的證據(jù)，要求A市地稅局撤銷補繳稅款和滯納金的處理決定。
二、案例評析
（一）證據(jù)與事實的關(guān)系
在稅收征管當(dāng)中發(fā)票是用來證明課稅事實是否真實發(fā)生的證據(jù)，稅收文件當(dāng)中常見的“沒有發(fā)票就不得抵扣稅款或列支成本”等等此類的規(guī)定，所體現(xiàn)的法學(xué)邏輯是“證據(jù)不足則推定事實從無”這一法理。
但需要注意的是，由于各稅種控管方式的不同，導(dǎo)致發(fā)票所要證明的課稅事實也不同。例如，在增值稅的管理中，增值稅專用發(fā)票被作為抵扣稅款的惟一憑證，這是因為，專用發(fā)票是可以用來證明“稅款是否已經(jīng)繳納”這一事實的惟一證據(jù)，無論任何原因，因證據(jù)滅失的，稅務(wù)機關(guān)則可以推定稅款尚未繳納。
但在企業(yè)所得稅管理中，發(fā)票所要證明的課稅事實是“發(fā)票所記載的某一筆交易是否真實發(fā)生”，那么關(guān)于交易的真實性，除了發(fā)票之外，還有銀行的支付記錄、合同等等多個證據(jù)可以證明。也就是說在企業(yè)所得稅的管理中，發(fā)票只是證明成本是否發(fā)生的證據(jù)之一，但不是惟一的證據(jù)，更不能把發(fā)票本身直接當(dāng)作扣除項目來理解。
在理論上，依據(jù)事實征稅的原理應(yīng)當(dāng)適應(yīng)于任何稅種，但在具體的稅制結(jié)構(gòu)設(shè)計上，《增值稅暫行條例》第九條明文確定了在增值稅的管理中發(fā)票是“惟一的、絕對的證據(jù)”的地位，制定出了“沒有發(fā)票則推定事實從無”的法律關(guān)系，體現(xiàn)了“發(fā)票（證據(jù)）大于事實”的立法思想。也就是說，在立法當(dāng)初，立法者預(yù)見到了在特殊情況下因發(fā)票與事實不符所帶來的執(zhí)法誤差問題，確立了在這種情況下以犧牲執(zhí)法公正為代價來保障稅收鏈條完整性的立法取向。
與增值稅所不同的是，《企業(yè)所得稅暫行條例》中則沒有類似的把發(fā)票的地位絕對化的條款。相反《企業(yè)所得稅暫行條例實施細則》第四十七條規(guī)定“納稅人不能提供完整、準確的收入及成本、費用憑證，不能正確計算應(yīng)納稅所得額的，稅務(wù)機關(guān)有權(quán)核定其應(yīng)納稅所得額”，在發(fā)票這種課稅證據(jù)滅失或不可采信的情況下，要求稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)采用其他的證據(jù)來證明課稅事實，以此核定應(yīng)納稅所得額。《企業(yè)所得稅暫行條例實施細則》第四十七條“不能提供完整、準確的收入及成本、費用憑證”的表述，間接地表明了企業(yè)所得稅征管中課稅證據(jù)的多樣性，即發(fā)票只是憑證之一，而并非惟一的憑證。
通過以上兩個法條的比較，可以看出，增值稅采用的是“發(fā)票重于事實”的稅制結(jié)構(gòu)，而企業(yè)所得稅采用的是“事實重于發(fā)票”的稅制結(jié)構(gòu)，因而，發(fā)票在這兩類稅收的控管中所占據(jù)的地位大不相同。
（二）“證據(jù)不充分，推定事實從無”在本案中難以成立
思考本案，我們首先要回答的問題是：稅務(wù)機關(guān)是按事實征稅還是按
發(fā)票征稅？《稅務(wù)稽查工作規(guī)程》第四條規(guī)定，稅務(wù)稽查必須以事實為根據(jù)。在本案中除了發(fā)票之外還存在購進材料等實物證據(jù)，這些證據(jù)所證明
的事實應(yīng)當(dāng)在課稅中有所體現(xiàn)。
《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》第二十二條“不符合規(guī)定的發(fā)票，不得作為財務(wù)報銷憑證”的規(guī)定，只是否定了違規(guī)發(fā)票作為合法證據(jù)的效力，但并沒有排除通過其他合法有效的證據(jù)來證明課稅事實確實發(fā)生的可能。此外，個人“報銷”不同于企業(yè)直接“采購”，報銷是指個人向單位請求支付代墊款項的行為，個人的某筆支出雖然是為了履行職務(wù)而發(fā)生的，但在市場交易過程中該筆支出首先是以個人消費的方式出現(xiàn)
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