“合作建房” 是開發(fā)商在土地實施“招、拍、掛”之前拿地的重要途徑之一，利用該種方式開發(fā)的房地產(chǎn)項目清算中需要準確把握政策的核心內(nèi)容。特別是聯(lián)合開發(fā)的協(xié)議約定以及項目立項的辦理方式，針對該公司所描述的情況，建議應該處理如下：
1、若聯(lián)合開發(fā)方只取得房屋自用，根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字[1995]48號）文件規(guī)定：“對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征土地增值稅，建成后轉讓的，應征收土地增值稅。”因此，對你們雙方開發(fā)若是自用是暫免征收土地增值稅。若是對外銷售，就要按規(guī)定計算繳納土地增值稅。
2、根據(jù)該公司的情況，假設該公司出地，建成后按比例分享三成，以該公司為開發(fā)主體并且建成后進行銷售處理，在納稅處理上就應當以貴單位為主體，按整個項目為單位進行土地增值稅預征和清算。貴單位所分配給聯(lián)合開發(fā)方的開發(fā)產(chǎn)品應按照公允價值計算繳納土地增值稅，公允價值可按《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅[2006]187號）文件第三條第（一）款的要求確認：（1）按本企業(yè)在同一地區(qū)、同一年度銷售的同類房地產(chǎn)的平均價格確定；（2）由主管稅務機關參照當?shù)禺斈?、同類房地產(chǎn)的市場價格或評估價值確定，對聯(lián)合開發(fā)方來說相當于用資金換取你單位建好的房產(chǎn)，該單位相當于提前收取了聯(lián)合開發(fā)房的預售款。該單位應開具銷售不動產(chǎn)發(fā)票給聯(lián)合開發(fā)方。
3、如果該公司不是開發(fā)主體，項目以聯(lián)合開發(fā)方名義主體進行開發(fā)，則該單位應按照“轉讓土地使用權”進行土地增值稅清算。分得房產(chǎn)自用暫免土地增值稅，分成后再行轉讓就要另行計算土地增值稅。
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