稅務稽查包含選案、實施稽查、審理、執(zhí)行四個部分。
　　一、選案
　　確定稅務稽查對象是稅務稽查的重要環(huán)節(jié)。目前稽查選案分為：人工選案、計算機選案、舉報、其他等
　　人工選案的基本方法是抽樣。實施抽樣又分為隨機抽樣和非隨機抽樣。在實行抽查選案時，一般都采用隨機抽樣法，它是按照概率規(guī)律抽取稽查對象的一種方法。
　　計算機選案的指標主要有以下幾個方面：分行業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營指標平均增長值分析、分行業(yè)財務比率分析、企業(yè)常用財務指標分析、流轉(zhuǎn)稅類選案分析、企業(yè)所得稅稅前限制列支項目指標分析、進出口稅收指標分析、稅收管理指標分析等。
　　舉報是稅務機關(guān)發(fā)現(xiàn)案源最多的一種途徑。
 
　　其他選案方法指：轉(zhuǎn)辦、交辦等。
　　二、實施稽查
　　稅務稽查實施階段是稅務稽查工作的核心和關(guān)鍵環(huán)節(jié)。稅務稽查必須依照法律規(guī)定權(quán)限實施。稅務稽查人員在實施稽查之前，除另有規(guī)定之外，應當提前以書面形式通知被查對象，向被查對象下達《稅務稽查通知書》，并由收件人填寫送達回證。稅務人員在實施稅務稽查時可以根據(jù)需要和法定程序采取詢問、調(diào)取賬簿資料、實地稽查、賬外調(diào)查和異地協(xié)查等方式進行。稅務稽查人員在稅務查賬時，應在《稅務稽查底稿》上逐筆如實紀錄稽查中發(fā)現(xiàn)的問題及所涉及的賬戶、記賬憑證、金額等細節(jié)，全面反映此項稽查工作的情況。稅務稽查實施終結(jié)，稅務稽查人員應當認真整理檢查資料，歸集相關(guān)證據(jù)，計算補退稅款，分析檢查結(jié)果，提出處理意見，并根據(jù)立案查處、未經(jīng)立案查處以及稽查中發(fā)現(xiàn)的問題等不同情況，決定實行一般工作程序或簡易工作程序，并分別制作《稅務稽查報告》、《稅務處理決定書》或《稅務稽查結(jié)論》。
　　三、審理
　　稅務稽查審理，是稅務稽查機構(gòu)對其立案查處的各類稅務違法案件在實施稽查完畢的基礎(chǔ)上，由專門組織或人員核準案件實施、審查鑒別證據(jù)、分析認定案件性質(zhì)，制作《審理報告》和《稅務處理決定書》或《稅務稽查結(jié)論》的活動過程。
　　稅務稽查審理主要包括：1.違法事實是否清楚、證據(jù)是否確鑿、數(shù)據(jù)是否準確、資料是否齊全。2.適用稅收法律、法規(guī)、規(guī)章是否合法。3.是否符合法定程序。4.擬定的處理意見是否得當。
　　審理終結(jié)的處理有以下幾種處理方法：1.同意《稅務稽查報告》、2.補正《稅務稽查報告》、3.不同意《稅務稽查報告》、4.構(gòu)成犯罪案件的處理——移送。
　　對稅收違法行為的處罰應根據(jù)及其實施細則以及的規(guī)定處理。
　　四、執(zhí)行
　　隨著稅收法制建設(shè)的不斷加強，納稅人的稅收法制觀念也在不斷提高，稅務稽查文書送達后，被查對象一般都能自動履行稅務機關(guān)做出的法律文書所規(guī)定的義務——自動辦理補報繳納。逾期不履行的，稅務機關(guān)將采取強制執(zhí)行措施。
　　稅務機關(guān)對稅務違法行為處理完畢后，應制作執(zhí)行報告并交審理部門整理存檔。屬于公民舉報的案件，還應依照有關(guān)規(guī)定做好獎勵舉報人的事宜。