問：《國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）通知第三條“建筑企業(yè)總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項目部，應按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構(gòu)向項目所在地預繳企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務(wù)機關(guān)預繳?！?br>我公司跨區(qū)項目主管機構(gòu)是地稅局，總部所得稅主管機構(gòu)是國稅局，請問項目所在地預繳地稅局的企業(yè)所得稅，能否在機構(gòu)所在地的國稅局進行抵扣？
答：《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整新增企業(yè)所得稅征管范圍問題的通知》（國稅發(fā)[2008]120號）規(guī)定，2008年底之前已成立跨區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，2009年起新設(shè)立的分支機構(gòu)，其企業(yè)所得稅的征管部門應與總機構(gòu)企業(yè)所得稅征管部門相一致；2009年起新增跨區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，總機構(gòu)按基本規(guī)定確定的原則劃分征管歸屬，其分支機構(gòu)企業(yè)所得稅的管理部門也應與總機構(gòu)企業(yè)所得稅管理部門相一致。
《青島市地方稅務(wù)局轉(zhuǎn)發(fā)〈國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知〉的通知》（青地稅發(fā)[2010]90號）規(guī)定，建筑企業(yè)總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項目經(jīng)理部（包括與項目部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等，下同），其企業(yè)所得稅的征管部門應與總機構(gòu)企業(yè)所得稅征管部門相一致，即總機構(gòu)企業(yè)所得稅為國稅機構(gòu)負責征收的，項目經(jīng)理部企業(yè)所得稅由其所在地主管國稅機關(guān)負責征收管理；總機構(gòu)企業(yè)所得稅為地稅機構(gòu)負責征收的，項目經(jīng)理部企業(yè)所得稅由其所在地主管地稅機關(guān)負責征收管理。
參照上述規(guī)定，建筑企業(yè)總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項目經(jīng)理部，其企業(yè)所得稅的征管部門應與總機構(gòu)企業(yè)所得稅征管部門相一致。因此，按月或按季由總機構(gòu)向項目所在地國稅機關(guān)預繳企業(yè)所得稅。
新企業(yè)所得稅法的重要特征之一即是實行法人所得稅制，即使預繳的企業(yè)所得稅所在項目地主管稅務(wù)機關(guān)是地稅局，在總公司年度匯算清繳時依然可以進行抵扣，并不因為總機構(gòu)和分支機構(gòu)分屬不同稅務(wù)機關(guān)就不能相互抵扣。正如目前的貨物運輸發(fā)票由主管地稅機關(guān)在開票時按2.5%預征的企業(yè)所得稅，實行查賬征收的貨物運輸企業(yè)在年度匯算清繳時依舊可以扣除其預繳的企業(yè)所得稅款一樣。